未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
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公元2458年，地球与火星引力环移民，为了火星稀土征收事件，在月球空域爆发战争。在双方均付出惨痛代价后，火星与地球终止一切交流，开启了短暂的和平。零战时代，除了火星的威胁外，由月球罪犯组成的宇宙海盗，日益猖獗。一百多年的和平在西元2588年终结。在月球城邦爆发新型流感H1Z1而束手无策时，隔绝已久的火星释出善意，派出医疗舰前往月球进行人道救援。没想到，此次虚假的援助，竟然是进攻的开始。月球城邦军节节败退，引力环接连失守。月球军凭借着月球机密兵器——凯能的力量，抵挡了宇宙海盗的侵略性攻击，成功守住疆土。虽牺牲重大但仍度过了被破城的危机。西元2589年，火星军无视停战协议卷土重来，对与地球的连合国协展开攻，月球军派出凯能部队支援地球军。战斗陷入白热化胶着状态，宇宙海盗、月球城邦以及地球被推向面临同归于尽的残酷战局。
“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……
