故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
以一个有着人类、兽人、魔女、天空人等各式各样人种存在，并各自组成六个国家势力的幻想世界「雷尔姆」(Realm/レルム)作为舞台，在这个世界里，凡是伴随着绝望而死的灵魂，最后都会转生成为被称为「螺旋」(Spiral/スバイラル)的魔物，并对其他生命造成巨大的威胁;而玩家们在游戏中，将扮演一名拥有净化之....
因为这是我们的归属“Kivotos”是一座由数千所学校组成的巨大学术城市。在这里，持枪学生之间争吵的景象每天都可见。其中，被沙土覆盖的阿拜多斯高中面临关闭的危险。“对策委员会”的五名学生努力摆脱困境。故事从主角遇见名为“老师”的成年人开始。
